Можно ли перевестись в КГУ им. Ульянова-Ленина из РГАУ-МСХА им. Тимирязева на бюджетной основе?

Теоретически (по закону) можно. А всё остальное зависит от вуза.
Есть ещё вариант: поступить на первый курс в КГУ, потом принести академическую справку из РГАУ; должны будут перевести на курс старше (если предметы будут совпадать).